80 types de champignons peuvent habiter notre peau et c’est l’objet de cette première étude génomique sur la diversité fongique de la peau humaine, menée par les chercheurs du NIH. L'étude publiée dans l’édition du 22 mai de la revue Nature vient compléter la connaissance des champignons dans le cadre du microbiome de la peau et va permettre d’améliorer ensuite le diagnostic, complexe, des infections fongiques.
Les infections fongiques de la peau touchent environ 29 millions de personnes aux Etats-Unis, précisent les auteurs. En France, le dernier bilan de l'InVS fait état d'une incidence des infections fongiques invasives en augmentation et de 35.876 cas identifiés sur les 5 infections les plus fréquentes, mais peu de données épidémiologiques globales sont disponibles à l'échelle nationale. L'étude des champignons pose un défi particulier, ils sont lents et difficiles à cultiver en laboratoire, ce qui complique le diagnostic et le traitement des fongiques de la peau les plus courantes.
La fonction des champignons qui vivent dans et sur le corps humain n'est pas vraiment bien comprise. Les chercheurs du National Human Genome Research Institute (NHGRI) du National Cancer Institute (NCI) ont utilisé des techniques de séquençage de l'ADN optimisées, pour identifier les champignons, dans un premier temps prélevés sur la peau d'adultes en bonne santé afin de définir les populations normales et de disposer ensuite d'un cadre pour l'étude des infections fongiques.
Les chercheurs ont prélevé des échantillons de 14 sites du corps de 10 adultes en bonne santé. Le séquençage de l'ADN des champignons a identifié des fragments d'ADN, appelés marqueurs phylogénétiques, qui permettent de différencier chaque type de champignon. 5 millions de marqueurs ont ainsi été obtenus, représentant plus de 80 types de champignons.
20 pour cent des participants présentaient des infections fongiques possibles au pied (talon, orteil, ongle) avec parfois des communautés fongiques communes. Au final, les chercheurs constatent qu'un seul type de champignon (Voir en bleu-vert sur visuel ci-contre), appartenant au genre Malassezia, est prédominant sur la tête et le tronc. Peu de types de champignons occupent nos mains qui présentent en revanche, une grande variété de bactéries. En revanche, les pieds, y compris les ongles des orteils, talons et orteils contiennent une très grande diversité de champignons.
Cette étude révèle ainsi la grande diversité des champignons de peau, difficiles à cultiver en laboratoire et d'apprendre plus sur l'endroit où prédominent les champignons dans le cadre du microbiome humain de peau. Cette connaissance des champignons et leur diversité très dépendante du site de corps plutôt que du sujet et similaire de chaque côté du corps, vont permettre, dans un second temps de mieux diagnostiquer les infections fongiques.
NIH NIH researchers conduct first genomic survey of human skin fungal diversity InVS BEH 16 avril 2013 / n° 12-13 Mycoses invasives en France : épidémiologie, enjeux diagnostiques et thérapeutiques (Visuel: « Follicule pileux dans la peau entouré par des bactéries et des champignons sous un microscope à fluorescence ».)
